淡水祖師廟與萬華祖師廟，同奉一尊黑面祖師爺；祖師爺據說相當靈驗，還會以掉鼻子來預言地方災難，因此為淡水人最重要的信仰中心。

祖師廟建於1937年，但其奉祀之「落鼻祖師」早在咸豐年間即有街民供奉，每遇天災人禍，皆會落鼻示警預告鄉人，常為滬尾附近居民所尊敬，以同治年間顯神通救石門區民免地震之災，最為人所流傳，中法戰爭也相傳祖師爺大顯威靈懼退法兵而獲光緒皇帝御筆所賜之「功資拯濟」匾額。一直到昭和年間才經地方人士發起建廟，於1932年在原蕭府王爺廟址破土興建。

祖師廟殿宇軒昂，裝飾精美，名匠師黃龜理之木雕、陳天乞之交趾陶、張木成之石雕等件品充棟，可稱是淡水民藝寶庫。每逢五月初六清水祖師祭典，更是香客陣頭雲集，熱鬧滾滾，不遜於外國嘉年華會。